良性巧克力囊肿是指囊肿直径小于等于3厘米。良性巧克力囊肿并无明显症状。每个人病情的严重情况不一样，有些病人在良性巧克力囊肿的时候会出现不孕，月经失调，痛经等症状，但有些病人却并不会出现症状。
巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效。
卵巢囊肿是女性常见疾病，和细菌感染，体内激素异常等都是存在关系的，术后标本没有发现典型的子宫内膜上皮，化验是良性的，那就说明囊肿是良性的，可以手术切除，不会出现恶化。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。
巧克力囊肿良性和恶性只能通过病理确定，卵巢的良恶性肿瘤判断是比较复杂的，要结合B超，肿瘤标记物检查，血检查等判断，一般良性肿瘤边界是清楚的，质地是比较均匀的，恶性肿瘤可能会伴有腹水，边界不清楚，具体的要去医院咨询专业医生做相关检查判断的。
