输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
通常在7天-10天会拔管，输尿管内也会放一个双接管，需要病患出院带回家，在手术后一个月，再到医院进行拔除。体内有双接管要少活动、勤排尿，避免双接管摩擦膀胱内壁引起疼痛和血尿。
输尿管结石手术，常见的就是输尿管镜钬激光碎石、输尿管切开取石、腹腔镜切开取石以及经皮肾镜手术碎石取石，这些手术都需要麻醉，手术后都需要留置DJ管在输尿管内支撑，所以这些手术后患者不能有效的排尿，所以必须要留置尿管。
对于输尿管结石上段和下段哪个严重，主要还是看梗阻的时间长短，以及引起肾积水的严重程度来定，有时候上段可能梗阻的时间久了，那就是上段的比较严重。有时候下段的梗阻时间比较久，那就是下段的要更严重。
输尿管结石，会引起剧烈绞痛，只有用强力止痛的药物解除平滑肌痉挛才能够有效，还可以服用抗炎的药物来缓解疼痛，严重可以出现恶心呕吐，泌尿系统感染，肾脏积水，肾脏功能不全等。
