想要诊断为脑干脑炎，须结合病人病史，体检、对应辅助检查方可诊断。通常可在头颅上进行磁共振检查，若病人有脑干之病灶，经头颅磁共振检查，特别是平扫+强化检查，可在病人脑干上找到某些病灶。另外还有就是脑嵴液和血液等相关的检查和分析也非常重要，因为这些都能够对脑干脑炎做出明确的诊断。另外，需配合病人脑脊液检查，例如可采用腰椎穿刺的方法，留脑脊液作相应检查。在脑嵴液中也会有很多病毒或者蛋白成分，这些都可能导致出现脑膜炎等并发症。如病人的颅内压相对较高，细胞素相对较多，接着病人生化，特别是脑脊液有异常现象，通过检测相应抗体，并对部分细菌进行了培养，病人配合头颅磁共振之检查，它可诊断为脑干脑炎。
脑干的功能主要是调节呼吸和心率等重要的神经中枢，如果受损，必须靠呼吸机维持，相当于植物人，植物人是一种只能依靠医疗设备，维持生命的昏迷患者，如果脑干受损所导致的昏迷，醒来的几率几乎很小。
脑干梗塞和脑梗塞区别主要是梗死累及的部位不一样。脑干梗死指大脑的脑干部位发生梗死，脑梗死包括脑干梗死和大脑半球的梗死。脑干分为中脑、脑桥和延髓，如果这三个部位出现梗死，可以称为脑干梗死，也可以概括的说为脑梗死。
脑干出血患者的清醒时间主要取决于出血量的多少。如果出血量大约10ml，患者基本上没有清醒的可能性。因为在临床上脑干出血大于10ml，死亡率是接近100%。如果脑干出血量比较小，经过积极的保守治疗，比如脱水降颅压、清除氧自由基、护胃、营养神经等处理，一般在1周之内能够清醒。对于中等脑干出血的患者，早期经过积极的保守治疗，后期待病情稳定一般需要3周左右。
脑干出血下胃管是在出血发生后立刻在有资质的医院进行积极抢救。对于一部分出血量中等，出血接近脑干表面的病人，有时可以尝试进行手术清除血肿，对功能恢复或有一定的帮助。
这是不能确定的。每个人的损伤类型不一样，损伤范围不一样，可以通过核磁共振的检查，以及做诱发电位来帮助判断。如果脑干损伤以后诱发电位完全诱发不出来，清醒的机率就是非常小的。
