不会影响的。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症囊肿。每个月，随着月经来潮出血，子宫内膜出血，在卵巢内部形成巧克力液体，每个月随着月经来潮增大，为了防止破裂必须手术剥离囊肿穿刺。但是手术也不能治疗好。只要月经正常，卵巢功能正常，就会复发。
打算要孩子，巧克力囊肿手术之后，连续用3到6个月，打针期间是不能怀孕的。克力囊肿是子宫内膜异位引起，严重时可以导致组织器官黏连引起不孕。现在手术后打针考虑是为了减少复发。打针期间有正常的性生活，没有避孕的情况下，是可以有怀孕的几率。打针防止复发的药物没有避孕的作用。只要是有精子和卵子结合，就可以怀孕。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿术后多食用补虚益气食品。可以助气行血，能有缓解疼痛之效。气血虚少者尤为适宜。家禽家畜、蛋乳、鱼鲜均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好，葱白除风散寒，疏通肝经，食之有益。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
