卵巢囊肿手术治疗的方法，由自身综合情况来选择的。如果，年龄比较大，没有生育要求了，可以选择同时切除卵巢，这是指卵巢上是良性的肿瘤，如果卵巢上的肿瘤是恶性的，那就是必须要切除卵巢了。
小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
头皮囊肿可以通过手术的方式来进行切除治疗，但是相对来说这种使用药物治疗的话，作用并不是有太大，所以需要当地的正规医院，检查完以后看囊肿是有多少，包括面积有多大来进行治疗。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。
宫颈囊肿和子宫囊肿是不同的，子宫囊肿在宫腔内，宫颈囊肿在宫颈处，小的囊肿只要是没有增长，也不引起出血，就不要紧的，应该经常复查B超观察，只要是增长快，或引起出血淋漓不断，就应该手术治疗，用宫腔镜就可以检查，也可以治疗。
