完全性心内膜垫缺损进行手术治疗。如果患者出现肺动脉高压，肺循环阻力超过体循环阻力70%以上，可能要暂缓手术，或降低肺动脉压以后再进行手术治疗。其他患者一旦发现需早期进行手术治疗，手术包括关闭房室间隔缺损、修复瓣膜，减少瓣膜的反流。
完全性心内膜垫缺损能治好，一般这种疾病都是先天性的，只要发现的早，治疗的快，是能治好的。建议行手术治疗，孩子出现心脏病，及早治疗也能恢复的好一些，随着孩子增大，心脏的负担加重，手术更难。手术后要注意休息，不要劳累，而且还需要定期复查。
通常情况下，部分性心内膜垫缺损症比较严重。具体情况分析如下：
部分性心内膜垫缺损症这是一种先天性心脏病。有些胎儿出生后会就会有严重的先天性心脏病，例如房间隔缺损、室间隔缺损；另外，还有一些病人会有严重的瓣膜畸形，例如二尖瓣或三尖瓣的严重闭合不全。如果不及时处理，就有可能发展成更严重的心脏病，发展成心衰。
完全性心内膜垫缺损是一种先天性疾病。应该及时到正规医院进行检查，在明确病因后再做下一步治疗的打算。完全性心内膜垫缺损可能会出现胸闷气短、呼吸困难等多种明显症状。也有可能是一种先天性的疾病，对于治疗首先可以考虑保守，主要是平时注意养护，避免疲劳的情况。平时多运动。在饮食习惯上要少吃油炸和辛辣的食物，也要注意少吃辛辣刺激性食物，太过油腻的食物，凉东西，应该清淡饮食。平时多喝水，不要喝浓茶。也要注意保暖，避免加重病情。
心内膜垫缺损不是很严重。如果缺损的面积比较大，可以做介入手术，通过介入封堵来缓解病情。如果切口面积非常大，难以通过介入手术来解决，则选择外科开胸进行修补。
一般来说，心内膜垫缺损需要进行外科治疗。
局部性内膜垫缺损通常在2~4岁之间进行手术治疗。若出现二尖瓣返流或左室结构异常，如主动脉缩窄、二尖瓣畸形、主动脉瓣下狭窄等，则需尽早进行手术。在出生2~4个月时，出现了严重的充血性心衰。建议在3-6个月之前做手术，否则会有肺血管阻力和不可逆增加的危险。过渡性心内膜垫缺损的时间视缺损的大小而定，缺损愈大，手术时间愈早。