手术一般要分三次做，首先需先造瘘，使患儿粪便能排出来，这种手术相对简单，然后再根据患儿体质情况，发育情况，再择期手术做肛门手术等孩子一周岁以后再做第三次手术。
一般是能治好。先天性肛门闭锁症又称锁肛，无肛门症，根据类型选择不同的手术，如腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可治愈。术后如患儿腹胀消失，排气排便通畅，六小时后可进食母乳，并保持肛门清洁，每次排便后擦净污粪坐浴。
可采用腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术或腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。这种情况孩子先天性肛门闭锁手术后肛门失禁，需要注意肛门清洁卫生，饮食清淡规律。
先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，其治疗原则是为了改善术后排便控制功能，避免生命危险。本病的治疗主要是手术，如只有肛膜遮盖者，可行前后纵切口或十字切开，将薄膜剪去，再用食指伸入扩张，如有纤维带者。
肛门闭锁主要是由于原始肛发育异常，未形成肛管，导致直肠与外界不通。新生儿先天性肛门闭锁是一种先天性疾病。可以通过手术的方法进行治疗的，尽快带着宝宝去医院检查，根据检查结果，在外科大夫的指导下，采取手术治疗的办法。
