肾囊肿的治疗具体要看囊肿的大小而定。如果囊肿小于5cm则暂时无特殊治疗方法，但是需要注意饮食与药物对囊肿造成影响，同时3-6个月需要复查肾脏超声，观察囊肿是否增大。当囊肿大于5厘米时可以采取囊肿穿刺硬化治疗、囊肿去顶减压术或者肾脏切除术等。
如果不是太大，也没有任何的症状，先不必特殊处理，观察一段时间，如果症状比较严重，引起了腰痛或者是血尿，那就应该进行手术治疗，肾脏的囊肿是一种良性的病变，手术以后是可以这样治疗恢复的。
运动是不能治疗肾囊肿，肾囊肿特别是单纯性肾囊肿，往往是由一些后天性的因素所形成的，往往是由于这种肾小管的侵蚀所来源，随着这种病情的发展，这种肾小管的侵蚀逐渐增大，从而就形成肾囊肿，这些肾囊肿，有些病人可能真的不明显，发展到一定程度，可能这种就一直保持这个大小。
肾囊肿不大是没有必要去治疗的，不需要吃药，也不需要动用手术。如果肾囊肿逐渐长大，大于5厘米以上，可能会压迫肾组织导致肾功能受损，此时需要手术切除肾囊肿。药物或中医对肾囊肿效果应该是不明显的。
通常肾囊肿都是良性的，而且对肾脏、对身体都没有影响，肾囊肿的大小不超过2cm，不需要特别的药物治疗，每年定期复查即可。只有少数会出现囊肿的增大，可能会增大到5cm以上，这时有可能出现肾脏压迫以及感染、血尿、腰痛等并发症，可以通过微创手术去除囊肿治疗。
