甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
甲状腺囊肿一般不严重，但囊肿极有可能产生一定的压迫症状。
甲状腺囊肿是甲状腺最常见的良性疾病之一，一般无临床症状，无需特殊处理，应保持舒适，避免紧张焦虑，定期观察。如甲状腺功能减退，需口服激素药，定期复查甲状腺功能，调整用药剂量。甲状腺囊肿直径超过3cm、短时间快速增大引起疼痛、压迫气管神经引起呼吸困难、不排除声音嘶哑和甲状腺癌的情况下，应考虑手术处理，手术在全麻下进行。根据术中快速病理结果确定最终手术方式，良性病变需考虑局部切除，甲状腺癌需考虑甲状腺癌根治术和区域淋巴结清扫。
甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
甲状腺囊肿是甲状腺内的囊性肿瘤，称为甲状腺囊肿。
囊性肿瘤只是一个小气泡，中间有液体，周围有完整的囊壁，被什么东西包裹着。甲状腺囊肿多与甲状腺本身一起出现，可能有结节性甲状腺肿等良性疾病，也可能有很多实性结节，如小肉。血管破裂时，局部会聚集更多的血液。血液逐渐吸收后，会留下称为甲状腺坏死、出血、囊性病变的囊肿，导致囊肿，这也是良性的，没有问题。但囊肿旁有实体瘤，或囊肿内有结节状隆起，需医院详细诊断和治疗。
甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。