是会萎缩的。巧克力囊肿，绝经后受体内激素影响，子宫萎缩，巧克力囊肿也会随之萎缩，定期复查就可以了。精神放松，保持心情舒畅，不要吃辛辣刺激性食物，不要吃垃圾食品，不要吃含激素的食物，可以用药物进行治疗，也可以配合中药，进行治疗。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位内膜脱落出血，积在卵巢流不出来导致的。会引起进行性加重的痛经，影响卵巢功能，影响月经怀孕，需要及时治疗，而巧克力囊肿手术可以在月经干净后3天以后进行手术治疗。
持续一定时间后都可引起肾积水，必要时可以考虑手术治疗的，目前可以采取抗炎、利尿治疗的，要注意休息，忌辛辣刺激性食物的慑入，禁止喝啤酒，少吃或者不吃面食。特别是手术后一个月内尽量别吃豆类。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
