巧克力囊肿的症状常见的有痛经、下腹痛、经期发热等多种，作为子宫内膜异位症的一种，巧克力囊肿除了含有子宫内膜异位症的症状外，还具有自己特定的症状。子宫侧后方可触及活动差的包块，提示合并有卵巢巧克力囊肿，应引起注意。
巧克力囊肿通常会出现月经不调、痛经、性交痛和不孕不育等症状，早期的月经一般还是正常的，随着病情的发展逐渐出现月经不正常和痛经的变现。囊肿破裂可有剧烈的刀割样下腹痛，甚至昏厥。其次是性交疼痛。
巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术。手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题。
巧克力囊肿主要症状有性交疼痛，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的情况，其次有痛经的情况，多数卵巢巧克力囊肿会有痛经的表现。一些巧克力囊肿可触到子宫直肠窝或骶韧带上的压痛结节。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名巧克力囊肿，巧克力囊肿症状首先表现为性交痛：这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。其次是白带异常：少数会因卵巢巧克力囊肿而引发白带增多、色黄或是有异味等现象，有的时候也可出现白带夹有血丝等异常症状。
