巧克力囊肿是没有明显症状，但可能有子宫内膜异位症，子宫内膜异位症可能出现痛经、月经异常。对于巧克力囊肿，药物治疗通常无效。应该考虑微创手术。手术后也需要注射以防止复发。如果子宫内膜异位症引起严重痛经，也可以用药物治疗。
目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。
单侧巧囊肿会影响怀孕，但不会导致不孕，所以单侧的巧囊仍然是有自然受孕的可能的，除了看巧囊是单侧卵巢还是双侧卵巢，还需要看巧囊的大小，巧囊越大，对怀孕的影响可能越大，巧囊越小，对怀孕的影响会越小。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
