通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
一般需要就医指导进行针对性的手术治疗，需要使用药物修复调理的，需要使用营养药物治疗，注意好卫生。平时要比较注意饮食，不要吃上火，冰冻，辛辣刺激性的食物。多喝温开水，可以多吃一些蔬菜水果。
乳腺囊肿一般是不需要特殊治疗的，需要患者定期上医院进行复查，保守治疗，但是如果在观察的过程中增大的比较快，或者是出现了其他的异常情况，有可能是需要患者进行手术切除的，同时按照上面的描述，还有乳腺增生的情况，平时不要生气，定期上医院进行复查，如果有症状可以在医生指导下适当的用药来缓解的。
胸囊肿一般无需手术治疗，临床上应该观察为主。如果部分是恶性肿瘤，例如乳腺的黏液癌以囊肿为主要表现。因此对于乳腺囊肿，如出现囊壁的增厚、囊壁赘生物等，可考虑予以切除、活检，明确诊断；如果囊肿较为严重时，可以考虑采取手术切除。应完整切除乳腺囊肿以及囊壁，并且做快速病理检查，明确囊肿的性质，再决定是否放疗。
卵巢附件区的囊肿，如果是在5厘米以内可以暂时观察，可以在2次月经干净以后再重新复查。因为很多卵巢囊肿是功能性的，也就是有可能是卵泡囊肿或者黄体囊肿，一般2个月以后就会消失。如果观察2个月，囊肿继续增大或者没有消失，就是卵巢肿瘤，需要做手术。一定不要做剧烈活动，因为卵巢囊肿容易出现扭转。一旦出现扭转，必须要急诊做手术，会出现剧烈的腹痛，时间长了会引起卵巢的坏死，影响卵巢的功能。
