扁桃体结石不能自愈。扁桃体结石如果不加以治疗只会越长越大，不可能会在不做治疗的症状下自行愈合，所以如果患上扁桃体结石一定要积极配合医生治疗，扁桃体结石不是特别难以治疗的疾病，但是如果长期不治疗，也会使结石越长越大。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
长期扁桃体结石会使病人感到不适或疼痛。结石的成分中含有大量的磺胺类物质同时携带大量细菌，当结石破碎时会散发出类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，产生令慢性口臭。
扁桃体结石分为保守治疗和手术治疗，对于一些较顽固的扁桃体结石不应该用保守治疗，可以考虑进行扁桃体切除手术，以消除口臭以及咽部不适。保守治疗有时不能将已有的结石完全消除，存在复发的几率，直接进行扁桃体切除手术可以使扁桃体结石治好。
可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
小结石可以用刮匙或者钳子取出，个别的可用负压吸引取出。比较大的结石，可在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止坠入呼吸道。如果结石刺激引起周围的炎症，可以口服消炎类药物局部治疗。对于顽固性的扁桃体结石，保守效果不好，可以行扁桃体切除术。
