巧克力囊肿是可以治疗的，但是也会复发；在女性来月经时未流净残留物，积血淤堵，时间长久堆积就会形成的巧克力囊肿，一般都是良性病变。治疗方法可以进行手术治疗，注意手术后复查。养成良好的生活习惯，戒烟戒酒，注意妇科卫生，勤换内裤，穿棉质的内裤。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位子宫内膜发生脱落出血，在卵巢形成类似巧克力样的包块。发现恶性卵巢肿瘤者，应先予手术，术后予以中西药综合治疗。注意休息，良好的睡眠，避免过度劳累，清淡营养饮食，戒烟，戒酒。
巧克力囊肿最典型的一种症状是进行性加重的痛经，痛经随着年龄的增长疼痛会减轻。但子宫内膜异位症引起的痛经是进行性加重，随着年龄的增长会越来越重，最后可能需要一些药物来止痛。
巧克力囊肿可以吃核桃，饮食宜清淡，并注重营养均衡，少吃过热性的食物，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性、海产品等。应该常吃牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。核桃火气大，含油脂多，吃多了会令人上火和恶心。
巧克力囊肿需要病人的具体病情，进行针对性的治疗，目前此病可以采用药物治疗，比如口服避孕药，适应于轻度病人。孕激素治疗即服用高效孕激素造成假孕，还可以通过手术治疗。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经，尤其是会出现性前时疼痛出血，最大的危害就是导致女性不孕。如果发现反复腹痛及囊肿增大，需要手术切除。可以医院妇科检查明确，在治疗期间不用有性生活，平时多注意局部卫生。
