化脓性扁桃体炎，首先，需要抗炎、抗感染治疗。因为扁桃体已成为脓性、脓栓等表现，同时，可配合相关药物。如果伴随有扁桃体周围脓肿，需要做切开引流治疗，配合治疗。如果出现憋喘，需加用激素类的药物。
化脓性扁桃体炎会传染，乙型溶血性链球菌为本病的主要致病菌，非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、流感杆菌及腺病毒等也可引起，细菌和病毒混合感染者也较多见。这些病原体存在于正常人的口腔及扁桃体内而不致病。
急性化脓性的扁桃体，需及时的应用抗生素，首病情较轻的可口服，如果病情较重需静脉注射，如果用药3天后症状无缓解，需更换抗菌素，也可行细菌培养，选取敏感的抗菌素。现在临床上细菌和病毒混合感染也比较常见，所以还可以联合应用抗病毒的药物，如果出现剧烈的咽痛和高热可应用解热镇痛的药物。
小孩化脓性扁桃体炎通常都会使用抗生素，如果出现发烧，特别是高热，最好是静脉注射，可以输注青霉素类的抗生素，这是对化脓性扁桃体炎非常敏感的药物。
还需要要及时补充水分，小孩化脓性扁桃体炎时，吃的食物一般很少，需要补充水分，以增强身体的免疫力。平时要多做运动，提高抗疫力，避免扁桃体再次感染，建议患者加强生活护理。
小儿化脓性扁桃体炎主要是以抗炎、抗感染、对症治疗急性的炎症症状为主。若患儿病情反复，可诊断为慢性扁桃体炎，则在炎症被控制两周时间后，即非急性期进行手术切除治疗。
儿童急性化脓性扁桃体炎是炎症侵犯扁桃体实质内淋巴滤泡导致的肿胀、充血、化脓，另外细菌、隐窝内脓细胞渗出后从窝口排出，导致脓苔形成。
儿童化脓性扁桃体炎的主要是起病急、发热、头痛、食欲下降、呕吐、昏睡等症状。还有吞咽困难、剧烈咽部疼痛、呼吸困难等局部症状。治疗首选抗生素，如全身应用青霉素，适当使用糖皮质激素。还有用具有疏风清热、消肿解毒作用的中成药。