月经结束第三天同房可能不会怀孕。
月经结束后第三天有性生活可能不会怀孕的，在这段时间里，卵泡还在生长期，没有排卵，不会怀孕。女性月经周期较短，经期比较长，月经周期为23~24天，月经期10天左右，女性在月经后3天，精神、心理压力比较大，会导致卵巢提前排卵，同房后怀孕的概率比较小，但患者还是应该做好避孕措施。
经期干净后三天内，进行性生活，不在排卵期，怀孕的几率非常低，因为有几个别人在这段时间也会有怀孕的，所以不能排除万，月经前后的三四天是所谓的安全期，怀孕几率比较低月经期要注意保暖，忌食生冷。
通常来说，月经结束后第一天同房并不是绝对安全，可能也有一定的怀孕几率。
月经是指伴随卵巢周期性变化而出现的子宫内膜周期性脱落及出血，规律月经的出现是生殖功能成熟的重要标志，而经期之后卵泡会逐渐生长，在下次月经来潮之前的14天左右，可能才会进入排卵期，而在月经结束后第一天，一般没有卵子排出，所以比较安全，但如果月经不规律，也可能会出现排卵，所以并不是绝对安全，可能也有一定的怀孕几率。
月经结束后三天可以同房。如果月经刚刚干净，此时子宫内膜还没有修复好，同房容易导致出血的情况发生，容易引起感染，所以不能月经刚干净就进行性生活。月经干净三天以后，就不会再发生出血，也不容易导致感染，所以可以这时开始同房。虽然安全期不容易怀孕，但还是有怀孕的几率，同房需要做好避孕措施，这样才不会导致怀孕。
月经结束后第三天同房是否会怀孕，要看月经期是几天，如果在七天内，月经干净后第三天是安全期同房基本是不会怀孕的，但也不能完全排除，也有排卵提前的可能。如果实在担心怀孕，还没有超过72小时，可以吃紧急避孕药进行补救避孕。
月经干净后3天属于安全期，性生活时没有采取避孕措施也不会怀孕，但安全期不是绝对的安全，因为很多原因(如精神因素，疾病，药物，环境等）都可以影响女性的排卵.如果近期没有生育的打算，性生活时采取有效的避孕措施，以免导致意外怀孕。