沙眼衣原体感染主要通过药物进行治疗。
衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，可感染眼、鼻咽部、子宫颈、尿道黏膜等部位。感染后常见病包括沙眼、结膜炎、泌尿生殖道感染等，衣原体对阿奇霉素、多西环素、四环素或红霉素比较敏感。但是用药剂量需要根据患者具体情况而定，并遵医嘱服用药物。
沙眼是由沙眼衣原体引起的一种慢性传染性结膜角膜炎。治疗时可在医生的指导下选用滴眼液，同时要注意在医生的指导下口服抗生素类药物进行治疗。比较严重的沙眼，可用其他药物摩擦眼皮里面的小疙瘩，配合眼药水滴眼。
结膜或者巩膜表面出现黄斑，通常考虑属于色素沉着或者色素痣，这种情况一般为生理现象，不会对眼睛及视力造成影响，所以一般是不需要处理的。如果个人自觉症状比较明显或者对外观影响比较大，可以考虑手术切除。另外，如果上述情况是在短时间之内出现，或者出现了明显的变化，比如变大变黑或者破溃出血，需要及早到医院检查，排除有没有恶性病变的情况。
儿童沙眼的药物治疗必须谨慎。具体原因应明确界定，因为沙眼有诱发因素，有必要弄清楚是不良的生活环境还是身体虚弱引起的病理变化。尽量避免这些原因，是比较容易治好的，用药量根据儿童的身体状况而定。避免诱发因素的再次发生和复发。平时注意保持眼部环境清洁，不要用不干净的东西擦眼睛。
沙眼衣原体抗原检测阳性，需要口服抗生素治疗，应该保证足疗程，抗生素药物在治疗生殖器衣原体感染的治疗率可以达到90%以上。衣原体还没有出现在抗生素耐药性，所以病人在治疗时不必担心耐药的问题，多参加体育锻炼，提高自身免疫力，注意在患病期间不要同房以免交叉感染。
