肾囊肿没有明显的特效药。发现肾囊肿要看囊肿的大小，对于小囊肿没有症状时不需要做任何治疗，定期复查看，特别是小于4厘米以上的，观察囊肿是否继续增大，无症状者要经常做尿液的检查和泌尿系统超声检查。对于大于5公分肾囊肿，采取手术治疗。
肾囊肿手术就是把肾囊肿的顶去掉，相当于把锅的锅盖揭掉一样，尽量不让里面的囊液对肾脏的实质形成压迫，减少对肾脏的损害。肾囊肿一般有急性感染的全身表现，如高热、寒战等，一侧肾区剧痛，肌肉紧张，脊肋角有明显叩击痛。血白细胞增多，尿中有白细胞，细菌培养阳性。IVU示肾盂肾盏受压或充盈缺损。B超示肾区液性暗区以及可导致肾积脓的原发病变。
右肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常。平时患者没有特殊症状表现，通常在体检时才发现。单纯性肾囊肿直径在2cm左右时，患者多没有表现出症状，对肾功能和周围的组织影响不大如果发现囊肿直径较大，如直径>5cm或产生周围组织压迫，引起尿路梗阻或有积液等情况，便需要进行囊液抽吸术。
肾囊肿是需要进行手术治疗的，如果单纯的肾囊肿没有发现任何病症，也没有任何长大的迹象是不需要做任何处理的。出现病症是需要积极的治疗，密切观察胜囊肿的变化情况。如果生长迅速的时候需要采取手术治疗，避免压迫肾脏引起的功能变化。根据病情确定治疗的方案。
如果由于囊肿部位的血管破裂出血或者由于甲状旁腺功能亢进，导致钙盐在囊肿部位异常沉积形成钙化，这就是所谓的肾囊肿钙化。肾囊肿钙化是一种良性病变，对身体没有什么影响。
肾囊肿是不需要进行治疗的，并且多数的在出现了肾囊肿的时候都不会引起很严重的身体危害，同时只有很大的囊肿才需要进行治疗的，并且肾囊肿都可以通过改善自己的生活方式还有改善自己的饮食就可以很好的变小了，所以也就是说肾囊肿在比较小的时候还是可以消失的。
