巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
饮食上多增加营养，经期不吃凉食物。巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的。属于良性病变，可以遵医嘱口服止痛药物治疗。腹部要保暖，定期去医院复查，经期不要过性生活。如果还不好，可以去正规医院手术治疗。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
巧克力囊肿手术后尽量过三个月再开始备孕。手术之后排球的创面需要恢复1到2个月，这一两个月之内是不能够受孕的，但是这一两个月之内内异症病灶容易复发，所以术后要用三个月的药物治疗，这三个月的药物治疗，能够把残留的病灶进一步的沙面，同时能够预防复发，治疗三个月之后，只要恢复月经就可以尽快怀孕。
巧克力囊肿在腹腔镜手术中出现了创痛的症状，需要在医生的指导下进行治疗。
1、腹腔镜下的腹壁穿孔疼痛，一般是因为穿刺孔伤和病人的血管引起的皮下血肿，或者是在穿过肌肉的过程中，会对肌肉造成轻微的伤害。
2、巧克力囊肿术后会出现轻微的疼痛，但随着时间的推移，这种疼痛会慢慢消失。
3、术后出现持续的腹部疼痛，要考虑是不是手术效果不理想导致的，要考虑是不是手术后出血，还是巧克力囊肿的特殊性，以及手术中有没有损伤到其他器官，例如输尿管、肠道等。
所以，手术后术区的疼痛，一定要仔细的分析，找出原因，然后再进行治疗。
