肾盂肾炎可分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎。急性肾盂肾炎的治疗主要控制感染，慢性肾盂肾炎多数无明显临床症状，可定期监测尿常规及尿培养，药敏进行抗感染治疗。
慢性肾盂肾炎的治疗:一般治疗，注意个人卫生，摄入充足水分，定期排空膀胱，睡前排尿，可行二次排尿法。寻找复杂因素并去除，如手术解除梗阻或纠正反流等。应用抗生素治疗的原则：仅治疗有症状的细菌尿、用药之前行细菌培养并根据药敏结果选用抗生素、忌盲目使用抗生素而不注意去除复杂因素。
慢性肾盂肾炎的治疗分为普通治疗和抗感染治疗两部分，普通治疗包括多饮水，勤排尿；若伴有发烧，应对症降温处理，并卧床休息；若有结石或者畸形存在，可以进行外科治疗。抗感染治疗，针对培养细菌，进行相应抗感染治疗。治疗以后也需要每月复查1-2次，若有复发情况发生，则继续进行治疗，直到尿细菌培养为阴性为止。
慢性肾炎的治疗主要是应当以防治或者延缓肾功能进行性恶化、改善和缓解患者的临床症状以及防治一些严重的并发症为主要治疗的目标，而不是以消除患者尿中蛋白、红细胞为主要目标。
慢性肾炎分为四期。第一期为肾功能储备代偿期，肌酐升高，但不出现症状，容易治疗。第二期为肾功能不全期，这时肾小球已经有较多损害，肾脏排泄废物已有障碍，表现为疲乏无力，体重减轻，血压不稳定。第三期为肾功能衰竭期，这时肾功能损害已经严重，应及时治疗。第四期为尿毒症终末期，此时患者只能采用透析治疗或肾移植。
