可以用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否治好，现在还不能确定。建议在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
巧克力囊肿需要病人的具体病情，进行针对性的治疗，目前此病可以采用药物治疗，比如口服避孕药，适应于轻度病人。孕激素治疗即服用高效孕激素造成假孕，还可以通过手术治疗。
一般常用的治疗卵巢巧克力囊肿的手术方式包括了腹腔镜手术以及开腹性手术等两种，相对来说腹腔镜手术治疗过程中造成的创伤小，恢复速度比较快，因此也是比较好的治疗方法。
对于巧克力囊肿的手术方法，现在可以做腔镜手术，伤口小。手术对女性的创伤是比较大的，是在卵巢巧克力囊肿手术一年后再考虑怀孕。在手术后要注意多休息及加强营养，有利于伤口及身体的恢复。
巧克力囊肿可以手术治疗。术后注意个人卫生。巧克力囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢巧克力囊肿虽然是良性疾病，却有增生，浸润，转移及复发等恶性行为。
