巧克力囊肿手术以后应该吃些营养的，温通经络的，滋补肝肾的食品，如山药，黑大豆，黑芝麻，核桃，黑米，豆制品，枸杞子炒菜煲汤，黑木耳，海带等，多补充维生素，补充蛋白质等。不吃或少吃辛辣剌激的，忌饮酒，忌喝碳酸饮料等，并注意加强体育锻炼，注意保暖，避免受寒受风受湿等。
巧克力囊肿手术之后的打针是以打消炎针为主，为了以防感染，打针期间尽量避免吃辛辣刺激性的食物，术后身体都会比较虚弱，需要好好休息，并注意保暖，打针期间多喝点水，以促进局部的血液循环，增加药效。
巧克力囊肿常规检查注意事项是要先监测有没有排卵。做个输卵管造影，看看输卵管是否通畅，子宫形态有没有异常。还要排除免疫性不孕。男方要查个精液常规和抗精子抗体。只有找到不孕的原因，才能有针对性的用药治疗。巧克力囊肿需要复查彩超，查CA125和抗子宫内膜抗体。
手术以后要注意休息，不要劳累，生活规律，保证睡眠充足，在饮食上要注意多吃富含维生素的新鲜蔬菜和水果，高热量，高蛋白易消化饮食，避免生冷辛辣刺激性的食物，一个月内禁止性生活。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
饮食要的注意忌食羊肉、虾、蟹、鳗鱼、咸鱼、黑鱼等发物以及像酒类、辣椒、酸菜等的酸、冷、辣的食品，在经期更要注意一些。饮食要注意多吃些玉米等的五谷杂粮，提倡多样化饮食，平时可以多吃些芝麻、花生、瓜子等，维持营养所需。应该坚持低脂肪饮食，多吃瘦肉、鸡蛋、绿色蔬菜、海带、香菇以及新鲜水果等。
