巧克力囊肿是否影响怀孕要根据病情的严重程度。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的常见类型。患巧克力囊肿可能会影响怀孕。患巧克力囊肿会影响到卵巢功能，影响排卵。盆腔以内粘连也常伴随巧克力囊肿往往发生，导致输卵管功能障碍。
若巧克力囊肿较小，痛经不明显，可尝试怀孕，能够正常怀孕的情况下暂时不用治疗巧克力囊肿。若产期不能怀孕且排除了其他导致不孕不育的因素，则不孕可能是巧克力囊肿引起的，建议及时就医，通过药物治疗或手术治疗巧克力囊肿。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
做完巧克力囊肿手术后要注意：首先是按照医生说的按时吃用药物，定期复查肝功能，生活上要注意好好休息一个月，一个月内不能性生活，不能盆浴，不能游泳。不要吃冷冻的食物，不要抽烟喝酒，饮食生活规律，多吃蔬菜水果，适当的吃鱼肉蛋，不要吃用刺激性的食品，少喝咖啡和浓茶等饮料。
巧克力囊肿如果破裂会出现的疼痛特别剧烈，难以忍受。囊壁一破开，里面大量的是巧克力样的陈旧性积血比较黏稠，一旦这种囊液破裂流到腹腔里，对腹膜刺激是非常明显的，病人就会出现剧烈腹痛，急腹症的表现，难以忍受的这种痛。
巧克力囊肿在平时的时候应该少吃豆制品，豆制品中含有丰富的雌激素，容易加重病情。部分巧克力囊肿的致病原因就是激素分泌失调。可以多吃一些清淡的食物，小米粥或者山药粥都非常适合吃。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
