巧克力囊肿住院治疗应是看看大小的，多数的手术需要住院，大于5cm需要积极手术。调养气血。手术需要保养，住院1-2周比较好的。注意调养生活的习惯，忌辛辣的食物，发性的食物应少吃比较好的，具体的看看恢复。看看妇科遵医嘱治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，被称为巧克力囊肿，因为含有长期沉积的血液呈褐色，像浆糊和巧克力。子宫内膜异位症的发病机制仍不确定，可能是由以前的异常妊娠行为引起的，如流产和异位妊娠。也可能是由精血回流等因素造成的。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
巧克力囊肿是不能自愈的，所以得了巧克力囊肿一定要尽快的去当地正规的三甲医院进行医治，一般是通过手术和药物医治的，平时一定要注意饮食清淡，不要吃过于清淡的食物，平时要注意好的睡眠。
