小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
可以及时的口服抗菌药物进行抗炎处理，也可以考虑通过手术的办法进行处理的，规律的治疗后多数存在明显好转的。日常的饮食要清淡为主，不吃辛辣、刺激、生冷性食物，不吃油腻油炸类食物，摄入多的蔬菜水果等维生素含量较高的食物。
可能由于局部炎症粘连使附睾管阻塞，或者其中微小单一的附睾输精管阻塞后管腔液潴留，形成囊肿。附睾囊肿会引起精子质量、精子活力和精子数量急剧下降，引发男性不育症，是会影响怀孕的。改善附睾囊肿通常需要手术治疗，由于手术很小，病人不会有很大痛苦。
睾丸囊肿里面有积液是因为睾丸静脉曲张，从而造成的睾丸积液，通常来说，没有很明显的症状的囊肿可以不用急着去治疗。如果感到不适，手术治疗了。建议到正规医院手术，收费的多少，每个医院都是不一样的，咨询当地的医院，有医保是可以报销一部分的。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。