肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘位于直肠肛管周围，做手术要切开或者切除，或是挂线，伤口要敞开，所以恢复起来比较慢。因为肛门每天都要排便，所以每天要坐浴，清洗伤口，需要三，四周才能够恢复。比较轻的，可能时间会再短一些，比较严重的肛瘘也要6-8周才能够恢复。
肛瘘手术多长时间可以康复也是因人而异的，大多数在2-3周左右是可以完全康复的，术后的护理对于病情的康复发挥积极的作用，在术后还要采取一些防感染措施，饮食上也要做到以流质食品和半流质食物为主。
肛瘘的术后一般需要住院10-15天左右，在住院期间大夫会给输预防感染、止疼、止血的药物，每天会清洗伤口、换药，一般术后15天左右没有明显的疼痛，这时候基本上就不影响正常的生活。根据创面的大小一般在40-45天左右的时间切口可以愈合，这时候肛瘘就可以完全治愈。
肛瘘手术后愈合时间可能需要1个月、2个月甚至更长。所以肛瘘手术后的愈合周期，要视感染范围、创面大小、深浅而定。恢复过程中要重视术后伤口的护理，耐心接受伤口的护理、换药等后续治疗。
