目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
两边都有聪明的囊肿。如果卵子正常，排卵正常，可以自然受孕。如果有双侧巧克力囊肿并且长期未怀孕，做腹腔镜治疗。腹腔可以疏通输卵管，治疗囊肿，二级以上公立医院都有腹腔镜检查，治疗效果良好。可以通过手术治好，也可以有孩子。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
巧囊一般多发生在卵巢上，属于子宫内膜样组织，长到了其他的地方，随着子宫内膜的定期脱落，也就是月经的来潮，其他部位也会出现脱落出血。形成巧克力囊肿。大部分的巧克力囊肿，只要是有月经来潮，如果子宫内膜异位组织没有被完全剥离会复发，但是也有少部分人可能已经通过手术剥离得很干净，就不会复发了，一般也是因人而异的。
巧囊指的是卵巢巧克力囊肿，因囊肿内液体似巧克力样而得名。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜异位到了卵巢上。来月经时，异位到卵巢的子宫内膜也会出血，这样囊肿就会慢慢变大。
