巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。多由炎症刺激引起。如果囊肿比较小，不需要手术治疗，可以密切观察，如果生长速度比较快，就要考虑手术治疗。可以选择去正规专业的医院进行检查和治疗。
巧克力囊肿穿刺后是要做手术标本检查的，在术后要避免着凉感冒，要注意自身的保暖，调整自己的情绪，保持一个乐观开朗的心态，可以使生体的免疫力也正常，要禁止所有的剧烈运动以及重体力的工作，饮食吃些容易消化和吸收的食物，食用适量的水果和蔬菜以提高自身的抵抗力，不要食用容易胀气的食物。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿平时应注意不抽烟喝酒，不要食过咸过热和辛辣过冷刺激性食物，要注意劳逸结合，不要过的劳累，不要长时间熬夜，保持良好充足的睡眠，应多吃些营养丰富的食物，多吃些绿色蔬菜和水果。
女性月经期一定要杜绝性活。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动。女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经或形成溢流。月经期要做学会控制情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌失调。随时调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
有的病人B超发现卵巢囊肿，要医生当时明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。因为子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。磁共振成像、膀胱镜、直肠结肠镜、双肾B超、CA125等。
