囊肿是先天性的发育和形成，大多数囊肿从儿童时期就已存在。只要检查囊肿不是特别大，不会对健康有太大影响。因此，不需要太担心，也不需要特殊治疗。可以在平时继续观察，并定期复习。然而，如果囊肿特别大或继续生长超过5厘米，可以进行外科治疗，因为通过药物治疗来治疗囊肿是无用的。
如果是右侧肾脏囊肿，需要到医院的泌尿外科进行诊断和处理。
通常情况下，胚胎肾囊肿并不是必须要进行手术，而且目前还没有任何有效的治疗手段。大部分的肾结石，都是良性的，而且增长的很慢。所以，不会对孩子的身体造成太大的伤害。胎儿右侧肾脏囊肿需要经常到医院做检查，如果囊肿没有扩大，那么就不需要进行手术。囊肿有扩大需要手术。
右肾多发囊肿是否严重，需要行肾脏CT检查，了解囊肿的大小、囊肿位置及囊肿是否对肾脏产生压迫。如果多发囊肿体积较小，小于1cm以下，并且呈外生性生长，CT等检查发现对实质没有明显压迫，可以不必临床处理。
右肾囊肿可以使用手术来治疗的，是可以治好的。肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常，单纯肾囊肿一般没有症状，可以不用治疗。只有当囊肿压迫引起血管闭塞或尿路梗阻时可出现相应表现。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
