肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
到当地正规的医院检查治疗，在进行肛瘘手术以后要住院观察半个月左右的时间，住院期间每天大便以后使用温热水冲洗肛门以后再进行换药的处理，有利于伤口的恢复。另外，大便以后要注意清洗肛门部位，保持局部的清洁，而且每天都要进行换药。
肉眼检查：可见肛周皮肤有一个或多个瘘口，外口可有外突的肉芽组织，浅表肛瘘在内外口之间可摸到条索状物，挤压有脓性物排出。探针检查：由皮肤瘘口伸入探针，可与肛诊的手指接触，确定内口的位置。
结肠x线检查。结肠x线检查，有腹部透视、腹部平片、口服钡剂和钡灌肠等方法，而以后者最为严重。腹部透视和拍平片，只能发现肠扭转、巨结肠、肠套叠等梗阻征象以及场外压迫使肠管受到推挤的表现，对于检查肠腔内的疾病并无益处。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
