巧克力囊肿通常很痛。大多数卵巢巧克力囊肿发生在黄体期或月经期。疼痛常常从一侧开始。正常子宫内膜生长在子宫腔，如果这是一个病态的子宫在盆腔的其他部分将增长，导致一系列的分泌和月经的变化，因此聚合成不同大小的结节，如这些结节一旦破裂，囊肿包含旧的血液扩散到腹腔，常常导致不孕症状，及时治疗，正确的治疗在于及时手术治疗。
大多数时候病人是感觉不到疼痛的，因为微创巧克力囊肿手术，大多数的时候都是用全身麻醉，手术过程中病人不会感受到疼痛，但是在手术结束后，病人会感受到伤口上的疼痛。在恢复期间，病人可以配合医院的药物，减少疼痛。
一般巧克力囊肿的病人是会出现腹痛的症状的，甚至是痛经进行性加重、性交疼痛、不孕及月经失调。这种病可以采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素，因副作用较大，而且效力亦不够强，已逐渐摒弃不用。后来则逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。
巧囊破裂后有疼痛的情况有出血，而疼痛的时间长短是和个人体质情况和巧囊的大小，对于痛感的承受能力等众多因素有关。有些巧囊破裂后的疼痛感只有几分钟或者是数小时的感觉，这种疼痛感持续三天时间或更久。
两个星期。巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。可采用药物或手术治疗。防止经血逆流；药物避孕；防止医源性异位内膜种植。
女性有巧克力囊肿最典型的症状就是痛经。观察一下囊肿的大小来决定治疗方案。如果巧克力囊肿比较大，并且位置并不是很好，那么还是尽早的手术治疗比较好一些。可发生剧烈腹痛、甚至休克，并伴恶心、呕吐。只要确诊，即立即手术切除。
