大部分先天性甲状腺功能低下不能治好。
先天性甲减的病因，75%是甲状腺发育不全，此外还包括甲状腺激素合成障碍、中枢性甲减。因此，先天性甲状腺功能减退症的大部分不能完全治愈，但也有新生儿能完全治愈短暂性甲减，所占比例不足10%。先天性甲状腺功能减退症患者经明确诊断后，应积极治疗，定期评估，评估是否为永久性甲减。首次甲状腺扫描提示甲状腺异常或缺损，诊断为永久性甲减，不能治愈。早期促甲状腺激素小于50mU/L，新生儿出手后甲状腺刺激激素不升高是，3岁时可试验性中止治疗，如果中止治疗后甲状腺刺激激素升高，则认为是永久性甲减。
如果期家族中有某一种先天性心脏病的病史，也可能成为该种先天性心脏病的易患因素，只是目前尚未有证据明确支持先心发病与遗传因素有关。该病的发病受很多高危因素的影响，包括孕母接触放射线、污染物等外部环境的影响；自身发育过程中染色体异常或基因突变是它的内因。
先天性颈椎畸形有一定的危险。
1.先天性颈椎畸形会造成颈部脊髓神经受压，造成肢体无力、疼痛、麻痹等症状，患者会出现肢体瘫痪，对患者的生活造成一定的负面影响。
2.先天性颈椎畸形还会引起椎动脉的走行方向的变化，会影响到大脑的血液供应，引起大脑的收缩，出现头晕恶心、胸闷心慌、走路不稳等症状。
3.先天性颈椎畸形在创伤后极易出现骨折和脱位，造成颈椎脊髓的损害，严重者甚至有可能威胁到患者的性命。
通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
新生儿早期发现有先天甲减，在治疗得当的情况下，一般是不严重的。
先天性甲状腺机能减退是一种较为普遍、较为严重的病症。因为这是一种智力障碍性病变，初期并没有什么特别的征兆，但是一旦有了这种病症，就无法逆转了。新生儿先天甲减可以通过药物治疗，让其恢复到原来的水平，但很难根治。先天性甲减一般都是由甲状腺的先天缺失、先天性甲状腺容积缩小等原因引起的，因此先天性甲减一般都是终生服用左甲状腺素钠。
