使血中胆固醇水平升高，嗜睡不醒，头痛或头晕，烦躁不安。心脏血管方面，会引起血压高，心动过速。最常见的是消化系统，有食欲不振、恶心、呕吐、腹泻或是便秘等。此药副作用虽然比较多，但不一定都会出现，与个体差异有关，有轻有重。
副作用为疲劳瞌睡、遗忘、记忆力损害、精神错乱、定向力障碍、抑郁、震颤、意念或自杀企图、共济失调、虚弱、构音障碍、视力障碍或眼功能障碍、发音不清、头痛、昏迷、呼吸抑制、呼吸暂停睡眠、慢性阻塞性肺病恶化、恶心、食欲改变、便秘、黄疸等。
盐酸帕罗西汀片的副作用常见有胃肠道的不适，如恶心、厌食、腹泻等，也可出现头痛、不安、乏力、嗜睡、失眠、头昏等。少数不良反应可有过敏性的皮疹及性功能减退，突然停药可见撤药综合征，如失眠、焦虑、恶心、呕吐、胃肠胀气，还有乏力、性功能障碍，如阳痿、性欲下降等。
区别是，盐酸舍曲林片应用于多种焦虑障碍，盐酸舍曲林片的起效最快，盐酸舍曲林片改善躯体化症状效果显著优于盐酸帕罗西汀片。盐酸舍曲林片具有Sigma受体的亲和作用。
长期使用盐酸帕罗西汀片可能会出现胃肠道不适，如恶心、厌食、腹泻等。亦可出现头痛、不安、无力、嗜睡、失眠、头晕等。少见不良反应有过敏性皮疹及性功能减退。然停药可见撤药综合症，如失眠、焦虑、恶心、呕吐和胃肠胀气；其他还有乏力、性功能障碍(包括阳痿、性欲下降)副作用。低钠血症者较少见，主要发生在老年人，通常在停药后迅速恢复。而且在维持治疗期间药物剂量未变，也没有任何心理社会应激事件，却可能出现抑郁复发。
