如果是恶性无论直径大小均应当考虑及时处理。目前对于胃间质瘤，腹腔镜下手术治疗。如果良性的可以保守治疗，也可以服药治疗，如有不适症状或者瘤体增大者及时手术治疗。
胃肠道间质瘤是比较容易复发的，特别是一些高危患者，如5公分以上，核分裂>5/50高倍，手术的时候有破溃，非常容易复发。所以这也是术后推荐靶向治疗的原因。术后复查是非常重要的，因为比较容易复发，做过胃肠道间质瘤的手术以后，如果是中高危的患者，术后1个月开始靶向治疗，每3个月做B超，CT6个月左右做1次。胃镜或者肠镜1年左右做1次。2-5年之间每半年做1次复查，5年以后每1年做1次复查。
胃间充质肿瘤与胃癌的主要区别在于其来源组织不同。间充质肿瘤来源于间皮组织，胃癌来源于上皮组织。此外，它的生物学发展并不相同。胃癌发展得更快，其结果也更致命。最后，在治疗上有很大的差别。建议尽快接受相关规范治疗，并与医疗队保持密切沟通。
胃间质瘤首先应该考虑选择手术切除肿瘤这样的治疗方案，手术方式主要采用胃楔形切除术。该手术方式适用于肿瘤位于胃底、胃体部位，且肿瘤突出于浆膜，肿瘤直径在1.0cm～3.0cm。
通常情况下，食管间质瘤患者需要做影像学检查、细针穿刺活检等检查。具体情况分析如下：
影像学检查：食管间质瘤是原发于食管内除平滑肌瘤或神经源性肿瘤之外的另一类间叶源性肿瘤，食管间质瘤患者可以通过做CT检查明确肿瘤的部位、大小及侵犯范围，做MRI检查显示肿瘤内坏死、出血、囊性变及周围脏器。
细针穿刺活检：食管间质瘤患者可以通过做细针穿刺活检判断肿块的良恶性。
通常情况下，对于胃间质瘤，如无手术禁忌，则需行外科手术，胃间质瘤则采用腹腔镜下手术，胃底部及胃体部的胃间质瘤则需行胃楔形切除术。切除范围为1~2cm，除肿瘤外，尚有正常胃壁组织。
如果是中高危病人，可以选择伊马替尼作为一种靶向药物。术后要注意饮食，尽量少吃，尽量少吃，尽量少吃东西，术后要定期随访，胃镜检查一年以内。
