如果囊肿直径小于5cm，无肾实质或肾盂明显受压，无感染、恶变，患高血压的人都不主张手术，可定期做B超随访观察，如果囊肿直径大于5cm或有明显压迫肾，感染等表现，则应行手术治疗，手术包括经B超或CT引导下穿刺注射硬化剂，肾囊肿去除术，目前腹腔镜肾囊肿去除术因创伤小，恢复快，已成为肾囊肿手术的首选术式。
肾囊肿5厘米以下不需要处理，要定期观察，肾囊肿平时不要做剧烈运动，不要提重物，避免辛辣刺激性的食物，肾囊肿到5到10厘米之间要做一个穿刺治疗的，10厘米以上做一个手术治疗，平时要注意不能过度劳累。
肾囊肿一般大于4cm才需要处理，肾囊肿相当于肾脏上面长了一个水泡，当肾囊肿大于4cm的时候，可以选择手术治疗。手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，这种手术方式属于微创手术，主要是将肾囊肿的顶壁去除，然后将里面的囊液引流出来。对于比较小的肾囊肿，一般不需要进行处理，可以进行复查，每半年做一次泌尿系彩超。
早期肾囊肿没有症状，不会出现身体的不适，不需要治疗，只需要每6个月到12个月复查一次就可以，出现症状或囊肿较大时，一般才用手术治疗，可以基本控制疾病，当前医学水平还没有治疗肾囊肿的特效方法。
肾囊肿一般大于4厘米才需要处理，肾囊肿相当于肾脏上面长了一个水泡，当肾囊肿大于4厘米的时候，建议可以到医院选择手术治疗。比较常用的手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，这种手术方式属于微创手术，主要是将肾囊肿的顶壁去除，然后将里面的囊液引流出来。