有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。采用手术治疗，保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
巧克力囊肿并不能抽调。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，异位到卵巢上的一种表现。治疗卵巢巧克力囊肿，可以选择药物治疗或者是手术治疗，药物治疗适用于有慢性盆腔痛，经期痛症状明显，并且有生育要求较大的卵巢囊肿的人。
卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位到了卵巢引起的。直径在5厘米以下。囊壁容易反复形成小的破裂，破裂后囊内容物刺激局部腹膜及卵巢呈炎性反应，导致卵巢破裂处与周围组织黏连，导致卵巢固定在盆腔内。时间长了，还会引起输卵管粘连阻塞。一旦确诊是卵巢巧克力囊肿，还是尽早手术，防止时间长影响输卵管功能，影响生育。中医治疗效果不太好。
