如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
如果囊肿比卵巢长，应在怀孕前治疗，以便怀孕生子。们可以先用药物来治疗。如果效果不明显，或反复疼痛，有必要选择手术治疗方法，传统手术或微创手术治疗这种疾病。有复发倾向，选择正规高新技术专科医院可以签约治疗，在医生的指导下对症的治疗。
巧克力囊肿坚持做仰卧起坐有利于疾病的治疗，并能有效地锻炼腹部肌肉，可以提高人体的抗病能力，可以有效地治疗疾病，并能防止疾病的复发，选择合适的锻炼方法根据身体条件，每天锻炼。能提高人体免疫力，预防疾病的发生，有助于疾病的治疗。
卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。
患有巧克力囊肿要保证充分的睡眠，每天早起早睡，可以使皮肤变得更好，而且卵巢也会更健康。适量的喝红酒，红酒可以促进卵巢活性，从而提高卵子的质量。多吃豆制品，多吃一些豆腐、豆浆及豆制品，因为里面含有大量的植物蛋白，可以让卵巢更结实，卵子更健康。
