肠套叠的病因尚不明确，可能有以下几方面:
第一，饮食改变，出生后4-10个月会添加辅食，增加乳量，肠道疾病高发，婴儿肠道无法适应添加食物的刺激，肠道功能紊乱导致肠套叠。
第二，回盲部解剖因素，婴儿回盲部游离性大，回盲瓣肥厚，小肠系膜较长，婴儿回肠、盲肠直径较大，会有丰富的淋巴结组织，因炎症和食物刺激导致充血、水肿、肥厚，肠蠕动将回盲瓣向前推，牵拉肠管。
第三，感染病毒，肠道叠与肠道内腺病毒、轮状病毒可能有关。
第四，肠痉挛，自主神经失调，因食物、腹泻、炎症、细菌、寄生虫、毒素刺激肠道，肠蠕动功能节律紊乱，逆蠕动。
第五，遗传因素。
肠套叠是指上肠道蠕动过快，而下肠道还没有蠕动，上肠道会嵌套到下肠道中，形成肠道嵌套的情况。婴儿肠系膜发育并不完美。肠套叠通常发生在7至8个月大的严重腹泻儿童中。肠套叠发生在成人身上。肠套叠复位后，医院将首先会对病人进行结肠镜检查，以消除占位性病变。
婴幼儿出现肠套叠，80%以上的人出现便血。但是引起便血的原因很多，其中以先天性巨结肠多见。便血易使婴幼儿出现缺铁性贫血。
临床上一般采用保守治疗，包括补铁及对症处理。它的治疗方法分为手术疗法与非手术疗法。对于不适合外科手术的患儿，可采用保守治疗。带治婴幼儿肠套叠愈合后，查贫血的程度。如果发现贫血严重，建议及时行腹腔镜探查术或剖腹取石术来清除病变组织及坏死物质。贫血程度较轻，可适当增加补铁辅食及丰富高蛋白食物。如果贫血程度较严重的话，建议及时到医院接受诊断与治疗，以保证孩子能够正常生长发育。如果贫血程度较重，最好在医生指导下治疗。
小孩肠套叠考虑是胃肠道感染引起的。
小儿肠套叠是由胃肠道感染引起的，在此过程中会出现肠系膜淋巴结肿大，导致肠管不能正常蠕动，进而引起肠套叠。小儿肠套叠可以通过空气灌肠、钡剂灌肠等方式进行复位，但如果出现肠坏死，则应该是禁止灌肠。如果肠套叠不能通过气、钡灌肠复位，且有肠坏死的嫌疑，可以考虑外科手术。小儿肠套叠很可能会复发，所以要养成良好的饮食和生活习惯，尽量不要吃得太饱，不要暴饮暴食，以免出现腹泻。
发烧一般不会引起肠套叠。由于每个人的体质不同，如果患者出现了肠套叠，可能会出现发烧的现象。这种疾病也容易发生在儿童时期，主要是会伴有呼吸道感染的情况，也会导致感冒从而引起腹腔当中的淋巴结不断肿大，因此会不断的发热，而且出现肠套叠。要及时观察孩子的体温，如果体温持续过高，要选择物理降温的方式进行退热。
小儿肠套叠起病原因比较多，但是没有一个具体原因可直接导致肠套叠的发生。临床来讲，较常见的是婴幼儿时期饮食、食物习惯的改变，譬如正在吃母乳，开始改为半流质或者吃粥、米糊类型食物时，因为食物性质改变，肠道消化功能会有一个适应过程，有些孩子出现消化功能紊乱，或者出现肠道蠕动增快，就会导致肠套叠的发生。还有腺病毒感染也会导致肠套叠的发生。平常熟悉的肠炎，细菌性痢疾等有时也会导致肠套叠的发生。
