首先肯定的是巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。如果发生，那么可采用手术治疗。保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
初期巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿在不采取任何治疗措施的情况下可能不会自行恢复。有一种极为特殊的情况，即怀孕后，在孕期月经不会来潮，这些异位的子宫内膜就不会出血，也不会生长，则有可能慢慢萎缩，从而使得巧克力囊肿自行恢复。而除此之外，巧克力囊肿可能不会自愈。
卵巢巧克力囊肿是由卵巢子宫内膜异位症引起的。可以考虑药物治疗，如假妊娠治疗或假更年期治疗。症状严重且肿块大，可以考虑腹腔镜手术。不要有性生活，不要吃辛辣刺激性生冷的食物，不要洗盆浴，以纯棉透气好的内裤为主要多注意局部卫生，平时精神压力不要过大多注意休息。
巧克力囊肿不会自行脱落的，巧克力囊肿不进行治疗病情会逐步加重，最终引发癌症的风险，不能相信社会偏方，会使巧克力囊肿的病情加重，巧克力囊肿不会自愈，甚至会耽误治疗时机，使病情加重。
子宫内膜异位症的一种病变，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂。治疗方面，还未生育的年轻女性一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
