自身发育问题，内分泌问题，包皮包茎影响，脂肪组织或者腹腔包埋比较多，这些都是导致阴茎短小的原因。最好是到医院后让我们的专家给患者仔细看后，根据患者的具体情况为患者制定最适合患者的治疗方案。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
遗传因素阴茎与身体其他器官一样,其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。发育与营养状况一般来说,成年男性体格健壮,身材高大,其外生殖器包括阴茎、阴囊的发育也较好,阴茎可能较为粗大;反之,则可能相对小一些.但必须提醒的是,阴茎的大小并不与身高成正比例。肥胖男性肥胖是造成阴经短小的又一因素,一些耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性,往往阴经发育欠佳,比起正常男性的阴茎会相对短小。其他患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡,雄性激素不足,都可能造成阴茎短小。
