卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄、症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及主观愿望等因素而定。良性卵巢囊肿可以通过手术进行切除。
右侧附件囊肿增生容易导致腹部的疼痛或者月经的紊乱等。建议先看一下囊肿的大小，如果比较小可以口服一些中成药来治疗的。但是囊肿比较大或者出现了严重的并发症等，那建议进行微创手术来治疗会更安全的。
如果上颌窦囊肿很小，没有症状的话，不需要任何的治疗，定期观察。如果上颌窦囊肿比较大，需要进行手术治疗的。还需要考虑是牙源性的上颌窦囊肿引起的可能。如果是上颌窦囊肿，是不会恶变的。
绝经后卵巢肿囊可能会出现萎缩的，但也是因人而异的，有的人可能不会出现萎缩的情况，可以定期观察，随着卵巢功能衰退，卵巢萎缩，囊肿有可能会逐渐缩小。定期复查，B超看看囊肿的大小变化情况，卵巢囊肿性质不同，所选用的治疗措施也不同。
治疗卵巢囊肿的时间，这个不固定的，如果两种的尺寸超过4公分，就需要积极的进行对症治疗的，卵巢囊肿多数考虑可能跟炎症或者体内的激素水平发生变化有关系，去当地正规的公立医院咨询清楚后进行检查治疗，病人要遵医嘱，不可自行进行药物治疗，并要定期进行复查，根据病情及时调整治疗方案。
若卵巢囊肿10厘米怀孕的情况下，通常有两种处理办法。
第一，若不想继续妊娠或担心孕期卵巢囊肿破裂、扭转或恶变，建议进行药物流产或人工流产，流产后1个月左右通过做手术切除卵巢囊肿。
第二，可以选择继续维持妊娠，但卵巢囊肿体积较大，定期检查B超，监测卵巢囊肿大小，不要过度活动。避免孕期卵巢囊肿破裂、感染或扭转。若B超检查结果显示卵巢囊肿大小稳定，建议在分娩后再进行处理。
若卵巢囊肿有扭转或恶变的可能，建议在孕期切除卵巢囊肿。
