肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
肝内胆管结石能活20年-30年。肝内胆管结石不影响寿命，它是一种良性的病变，并不是癌症，也不是恶性的肿瘤。要保持良好的心态，生活要有规律，作息的规律，避免劳累以及精神的高度紧张。可以采用积极的治疗来去除肝内胆管的结石。
肝内胆管结石体积相对较大且超过2-3厘米，要尽快的做手术。如果体积小于一厘米，可以先做一些简单的处理，可以服用一些能促进胆囊功能、排石和保肝的药物进行治疗，并且要定期复查。肝内胆管结石是难以通过微创手术治疗的。内窥镜和导丝不允许进入更深的石头位置。要继续口服药物，并每三个月进行一次审查。如果结石增加明显，应该考虑手术治疗。平时注意休息，饮食清淡，避免刺激性饮食，注意卫生，避免感染的出现，同时避免过度的劳累。
肝内胆管结石是临床消化外科常见的一种疾病，能够堵塞胆管，引起炎症感染，出现上腹部疼痛，腹胀，恶心呕吐，发热等症状，就能够治好，是比较好治的。建议B超检查确诊大小，进行有效医治。患者这样准确去家里附近的一家医院进行药物的医治，如果不良就需要去家里附近的一家医院进行一下手术医治的准确处理的呀。
如果有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物，也可以采取中医辩证治疗的，如果反复发作，可以考虑手术治疗，可以使用腹腔镜治疗的，这样损伤性较小，具体的，建议遵当地的医嘱的。
可以采用无创保肝取石，在ERCP内镜的基础上研制出的一种高新胆管内镜系统，在ERCP内镜基础上，采用十二指肠大乳头球囊扩张胆管出口，将ERCP纤维内镜送入胆总管内，通过胆总管直达肝内胆管，通过肝内胆管球囊扩张肝内胆管，扩开肝内胆管内径，通畅取石通道，可以一次性彻底清除肝内胆管结石，手术全程在视频可视下内镜操作，无痛、无创伤、无出血，一次彻底治愈肝内胆管结石，保住正常的肝脏组织。
