目前尚无妊娠妇女使用环孢素有效性的临床大样本研究，但根据小样本研究，孕妇用环孢素并不对胎儿产生很大的影响。在对器官移植妇女使用环孢素的研究中发现，仅可能导致低体重儿和早产。
最常见的不良反应是胃肠道的反应如厌食，恶心，呕吐，胃部不适，反酸，烧心，还有牙龈增生伴出血疼痛，容易造成肾损害，高血压。不常见的不良反应有惊厥，肝功能异常，胆汁淤积，高尿酸血症，血小板减少，肢体感觉异常，高血糖过敏，白细胞减少，血尿等。
环孢素A是一种强效免疫抑制剂，它能够延长同种移植皮肤、肾、肝、心脏、胰脏、骨髓、小肠和肺等器官的存活时间，并且可抑制体液免疫的活性，对细胞介导的免疫应答亦具有更强的抑制作用。
环孢素对免疫性流产有保胎作用。免疫性因素导致的流产，大多是因为母体对于胎儿的免疫排斥。而环孢素则可以抑制这种免疫细胞，所以环孢素可以保胎。有利于孕期滋养细胞生长，并诱导母胎界面耐受。
环孢素是西医治疗再生障碍性贫血的常用药物。一些患者对这种药物更敏感，而且效果也可以。但是环孢素是一种西药。它的副作用比较大，有些病人吃得很好。两年内很容易复发。可以中西医结合系统对患者进行调节。
环孢素是不能保胎的，这种药物孕期不能服用，容易导致胎儿畸形，怀孕12天左右开始出现早孕反应，如恶心呕吐择食的反应。如果呕吐严重，建议及时去医院补液治疗，平时保持足够的睡眠，荤素搭配，适当锻炼，增强体质，不要做剧烈运动，避免发生流产等停经50天左右去医院检查B超，了解妊娠囊的发育情况，看是否正常。
