进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
可以做彩超检查，配合做尿常规检查，如果出现了急性膀胱炎，可能会出现尿急尿频。并且需要防止膀胱炎，导致出现上行性感染，反复发热比较容易出现肾炎的情况。平时多注意休息。
检查头部一般是做头部的影像学检查和电生理方面的检查，根据患者的病情不同而选择不同的检查方案。如患者出现头痛，头晕，肢体麻木、无力，可以做头部的CT、磁共振以及脑造影检查。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
