需要选择手术切除进行治疗，外科手术是延长肝内胆管细胞癌生存期的首选治疗方法。恢复性手术切除范围取决于癌肿的部位及大小。恢复性手术切除术可以明显延长病人生存期。
目前比较好的治疗方法就是保守治疗，此时病人可以考虑采用生物治疗。生物治疗对于失去手术机会或癌细胞复发、转移的晚期肿瘤的病人而言，可起到缓解其临床症状的功效，同时自身免疫系统逐步恢复平衡。部分病人出现瘤体缩小甚至消失或长期带瘤生存的治疗结果。
肝内胆管癌是一种肝细胞癌。射频消融术或动脉灌注栓塞可用于不能切除的大肿瘤或多肿瘤患者。也可以选择靶向药物治疗。也可选择靶向药物治疗，配合中医药治疗。如果发现早，必须手术切除。根据手术后的病理阶段，有些需要化疗。
如果已经确定是肝内胆管细胞癌，癌症治疗确实是一个大问题，对全世界来说都是一个问题。目前，没有治疗方法，只有积极配合治疗才能提高生存率。在癌症治疗的情况下，初期阶段是积极的手术治疗，术后结合放疗和化疗以提高生存率。
根据AJCC分期，肝内胆管癌出现了淋巴结转移，分期就是4B期，就是最末一期，这一期治疗效果都会大打折扣。淋巴结转移也看分站，假如就在肝十二指肠韧带附近，就是第一站或者第二站，仍然有可能把原发灶去除，假如出现了第三站淋巴结转移，应该视为远处转移，手术的价值就不很大了，只能药物治疗。
肝内胆管细胞癌的存活率在半年到一年左右的时间。肝内胆管癌的恶性程度比较高，病灶导致胆管堵塞出现皮肤、巩膜黄疸的症状，严重时可以导致出现转氨酶及胆红素升高，甚至出现肝肾综合征及胆酶分离的情况。需要采取增强CT检查证实病灶的位置，主要还是需要采取手术治疗。其次无法手术治疗且出现黄疸是可以采取放置U型管引流，减轻黄疸。
