手术后要休息一个月，在术后一个月内要注意休息，禁止性生活，所以一个月以后可以同房。术后饮食宜清淡，多吃水果蔬菜，多服用一些高蛋白食物，适当活动，术后注意休息，注意饮食，一个月之后，就可以复正常了。
大多数时候病人是感觉不到疼痛的，因为微创巧克力囊肿手术，大多数的时候都是用全身麻醉，手术过程中病人不会感受到疼痛，但是在手术结束后，病人会感受到伤口上的疼痛。在恢复期间，病人可以配合医院的药物，减少疼痛。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
行经前后，注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。谷类、豆类、薯类作为主食，均可食用，无需避免；肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好；清淡疏利之品较为适宜；干果不忌，可随时食用；养生行血，核桃温阳，大枣、桂圆益气养血，更为适用；家禽家畜、蛋乳、鱼鲜一般均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好。田螺、蛤蚌、蟹、鳖偏凉食，宜少食。过于肥厚之肉品忌食。
可以打三针。巧克力囊肿术后要打降调针。抑制卵巢排卵功能。打针之后可能有的会部分抑制卵巢功能，也有排卵来月经的，也有三针之后一直不来的。不要太紧张了，保持心情舒畅，不要吃辛辣刺激的食物。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
