目前来说自愈的可能性是几乎不存在的，鼻腔囊肿如果没有及时的治疗是会引起同侧鼻腔的呼吸受阻或者是鼻内发肿，如果侵犯眼眶是会引起眼球移位，流泪等情况发生，鼻腔囊肿目前主要的治疗方法就是通过手术来达到治疗的作用。
腱鞘囊肿最好发于手背、脚背以及肌腱腱鞘的表面。腱鞘囊肿的治疗要看有没有症状，如果没有症状，不影响生活和功能，可以不进行特别的治疗。腱鞘囊肿也不会长得太大，有时会自行消失。如果有疼痛或者影响穿鞋，日常生活的使用，则可以采用手段来消除腱鞘囊肿。在囊肿比较坚硬的时候，用手指挤破是最有效的方法，也是最快的办法。
在平时可以采取坐浴的方式来减少脓肿，如果囊肿已经有脓液，可以通过手术的方式来进行治疗，对于这类疾病一定要尽早的进行治疗，以免引起其他功能疾病，平时在饮食上尽量以清淡为主，不要吃一些刺激性和辛辣食物。
囊肿可以手术摘除的。千万不要自行乱服药物和补品，否则极易造成更大的伤害，也可以用微创治疗来治疗，鼻腔囊肿有的是要先行穿刺，在用微创治疗来治疗，微创治疗是用内窥镜结合等离子来治疗的。
随访观察：小囊肿可观察，无需处理，定期复查即可；B超下穿刺吸液：在超声引导下穿刺吸液，有一定的效果，但此方法易复发，且再次手术时可能发生粘连；腹腔镜肾囊肿去顶术：为常用方法，把整个囊肿的囊皮去掉，复发率低。
