卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症，内膜异位到了卵巢，每个月卵巢异位灶反复出血引起囊肿，并且引起盆腔粘连。容易导致输卵管粘连，引起不孕症。手术后一般要休息一个月，在术后一个月内要注意休息，禁止性生活，所以一个月以后可以同房。
巧克力囊肿腹腔镜手术之后一般六个月左右才可以准备怀孕，因为在这个时候女性的子宫才能恢复，在准备要孩子的话，会保证胎儿的正常发育，尽量可以避免一些不好的情况出现，所以做了手术治疗之后的女性要好好的调养身体，不能太早要孩子。
巧克力囊肿穿刺抽液术后最少需要休息一个月的时间再同房，一周内适当卧床休息，禁盆浴及阴道冲洗，勤洗勤换内裤，不要劳累，保持外阴的清洁，多补充营养，保持好的情绪。治疗期间也是不要吃太刺激性的食物，不要着凉，注意保暖。
一般囊肿大于5厘米考虑是需要选择手术，囊肿接近5厘米的情况，暂时还不用手术，可以先用中药调理一段时间平时要避免劳累剧烈运动，避免油腻辛辣刺激饮食，过一段时间再复查一下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，再考虑手术处理剥除囊肿。
有的人术后会怀孕，有的人可能长期都无法怀孕。因为手术切除内异囊肿，并不能将所有的内异病灶切除，也无法改变腹腔内环境，因为手术无法解决失衡的生理机制和适合内异囊肿生长的内环境，很容易复发。而且手术无法改善低下的卵巢功能，甚至有可能造成损伤。
巧克力囊肿疾病的复发概率在百分之十三左右。手术之后护理恰当，定期做好复查工作，注重平时的运动锻炼，月经期严禁房事，保持外阴及阴道的清洁，提高身体的抗病能力，可以防止巧克力囊肿疾病的复发。
