RAU病因尚不明确，目前仍无较好的特效方法。治疗原则是消除病因、增强体质、对症治疗，以减少复发次数，延长间隙期，减轻疼痛，促进愈合。治疗主张全身和局部、中医和西医、生理和心理相结合。
可以口服清热解毒的药物来进行缓解疼痛，口腔溃疡的发生主要与免疫力低下，维生素缺乏感染有关，溃疡具有自限性，多吃蔬菜水果，补充维生素，提高免疫力，可以减少口腔溃疡的发生。
口腔溃疡反复发作，多数是由于机体免疫力低下导致的，首先需要抽血检查血常规微量元素，看看是否缺乏，缺什么及时补充，同时可以配合选择一些免疫调节剂，平时用淡盐水漱口，应该及时到当地的正规医院进行治疗，就不会导致口腔癌的，平时也应该注意个人卫生。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素，平时应该多运动，增强体质，有利于提高自身免疫力。
建议使用中药进行保留灌肠，同时使用药膏和药栓塞入到肛门里面进行治疗，在药物治疗期间一定要注意多休息，避免疲劳和熬夜的情况，不要长时间的蹲厕所，在饮食上以柔软好消化的食物为主。
口腔溃疡癌变比较严重，可能会表现成口腔溃疡还有癌性溃疡。手术只能切除看得见的肿瘤，对于残存在血液和淋巴中的癌细胞无能为力，所以术后也要做好巩固治疗，以防复发和转移。
